प्रदीप पूर्णेकर हत्या प्रकरणाने राजकारणात एकच खळबळ निर्माण झाली असून या प्ररकणात माजी महापौर मीनाक्षी शिंदे यांच्यावर आरोप होत होते.दरम्यान आता ठाण्यातील शिवसेनेच्या (शिंदे गट) महिला आघाडी प्रमुख आणि माजी महापौर मीनाक्षी राजेंद्र शिंदे यांनी ठाणे जिल्हा महिला आघाडी प्रमुख पदाचा राजीनामा शिवसेना मुख्य नेते आणि उपमुख्यमंत्री एकनाथ शिंदे यांच्याकडे सोपवला आहे. पूर्णेकर प्रकरणात मीनाक्षी शिंदे यांच्यावर आरोप होत होते.
विरोधकांचा वाढता दबाव आणि पक्षांतर्गत भूमिकेनंतर मीनाक्षी शिंदे यांनी आपला राजीनामा सादर केला. पत्रात त्यांनी षडयंत्र आणि बदनामीचा आरोप करत काही कारणेही स्पष्ट केली आहेत. गेल्या काही दिवसांपासून समाजमाध्यमांवर तसेच पक्षपातळीवर माझ्याविरोधात विविध आरोप केले जात आहेत. सर्वपक्षीय एकत्र येऊन मुख्य नेते व पालकमंत्री (एकनाथ शिंदे) यांना वेठीस धरण्याचे षडयंत्र आखत आहेत, ज्यामुळे मला प्रचंड वेदना होत आहेत.
"ज्या प्रकरणांशी माझा काहीही संबंध नाही, त्यात माझे नाव जोडून पक्षावर आणि नेतृत्वावर दबाव निर्माण केला जात आहे. माझ्यामुळे पक्ष आणि नेतृत्वाची मान खाली जावी किंवा बदनामी व्हावी, हे मला सहन होत नाही". हा राजीनामा कोणत्याही नाराजीतून दिलेला नसून, पक्षाची आणि पक्षनेत्यांची प्रतिष्ठा जपण्यासाठी तसेच निष्ठा सिद्ध करण्यासाठी दिलेला आहे, असे त्यांनी पत्रात म्हटले आहे.
ठाण्यातील शिवसेना (उद्धव बाळासाहेब ठाकरे) पक्षाचे मानपाडा विभागप्रमुख *प्रदीप (बाळू) पूर्णेकर यांची धारदार शस्त्रांनी वार करून निर्घृण हत्या करण्यात आली होती. या हत्या प्रकरणातील आरोपी हत्येपूर्वी आणि नंतर मीनाक्षी शिंदे आणि त्यांचे पती राजेंद्र शिंदे यांच्या संपर्कात असल्याचा आरोप विरोधकांनी आणि पूर्णेकर कुटुंबीयांनी केला होता. त्यामुळे या प्रकरणात मीनाक्षी शिंदे आणि त्यांच्या पतीचा सह-आरोपी म्हणून संशयितांच्या यादीत समावेश करण्यात आला होता. पूर्णेकर समर्थकांनी आणि ठाकरे गटाने मीनाक्षी शिंदे व त्यांच्या पतीच्या अटकेची मागणी करत ठाण्यात तीव्र निदर्शने केली होती.